La Vegetación identificada son pastizales, Bosque, Selvas y otros, aunque el ecosistema principal determinante en el municipio es el Bosque Mesófilo de Montaña, caracterizado por tener una población densa de árboles, mezcla de plantas de origen templado y tropical. Es el ecosistema que más contribuye a la biodiversidad de México, tanto en flora como en mariposas, aves o anfibios.

Los bosques mesófilos de montaña (BMM) son los ecosistemas terrestres más amenazados a nivel nacional. Estos bosques son de elevada importancia debido a la extraordinaria biodiversidad que albergan y a los servicios hidrológicos que proveen. Si bien no existe una evaluación reciente que permita determinar con exactitud el área que cubre el bosque mesófilo de montaña (BMM) en México, muy probablemente se trata del ecosistema más amenazado en el país (Challenger, 1998), y el ecosistema tropical que ocupa menos superficie a nivel mundial (Bubb y Das, 2005; Mulligan y Burke 2005). Se estima que menos del 1 % del territorio nacional está ocupado por vegetación primaria de BMM (8,809 km2; serie III de INEGI 2005) y aproximadamente un 50% de la superficie original ha sido reemplazada por otros tipos de cobertura (Challenger, 1998).

El BMM se caracteriza principalmente por la presencia frecuente o persistente de nubes a nivel de la vegetación (Hamilton, 1995). Esta definición basada en el clima refleja la importancia de las nubes o niebla para la ecología de este ecosistema. De ahí que también se le conozca como bosque de niebla, selva nublada, bosque nebuloso y bosque nublado. En inglés los nombres más frecuentes son “tropical montane cloud forest” o simplemente “cloud forest”.

Coatepec pertenece a la región del BMM de la Cuenca La Antigua. Los bosques en esta subregión juegan un papel importante como fuente de recursos maderables y no maderables y tienen un gran potencial para ser manejados de forma sostenible. Existen diversos sitios pequeños bien conservados, es una región muy estudiada y donde varios grupos trabajan en restauración y manejo del BMM, entre los que resaltan el INECOL AC, UV, Pronatura y SENDAS AC.

La cafeticultura de sombra es frecuente en la zona de distribución del BMM, lo que representa una oportunidad para su conservación, pero puede tener un impacto alto como amenaza si se intensifica a través de su conversión en cafetales de sol. Es interesante señalar que existe un creciente mercado de tierras debido a que los campesinos están vendiendo sus propiedades y algunos compradores están interesados en registrar sus tierras como áreas privadas de conservación. Los procesos de parcelización (minifundismo) se consideran de gran importancia por la complejidad que representan para el desarrollo e implementación de programas y acciones dirigidas a la conservación del bosque.

El nivel de marginación de los habitantes de los BMM es relativamente menor en comparación con el resto de la región.